Tarkennuksia lihakarjan jalostusarvolaskentaan

Luke ja Faba ovat yhteistyössä tarkastaneet lihakarjan jalostusarvolaskennan tuloksia, joissa on ilmennyt jonkin verran tavallisuudesta poikkeavia lukuarvon muutoksia maaliskuun ja toukokuun laskentoja verratessa. Muutoksiin on löytynyt muutamia selkeitä syitä.

Datan esikäsittelyssä on havaittu kehitystarpeita, jotka on tehty tulosten vakiinnuttamiseksi laskentakertojen välillä. Maaliskuun laskennasta osin puuttunut keinosiemennyssonnien genotyyppidata on täydentänyt merkittävästi laskentaan mukaan saatua genotyyppitietoa toukokuun laskennassa. Tämä on osaltaan aiheuttanut indeksien lukuarvojen muutoksia.

Merkittävänä muutosten syynä on ollut myös se, että toukokuun laskennassa vieroituspainojen ja emo-ominaisuuksien välistä yhteyttä mallintavat parametrit on estimoitu käyttämällä ominaisuuksien välisiä korrelaatioita aikaisemmassa laskennassa käytettyjen kovarianssien sijaan. Korrelaatioiden avulla estimoitujen parametrien tuottama korrelaatio emoindeksin ja vieroituspainon välillä vastaa paremmin alkuperäistä rotukohtaista korrelaatiota. Maaliskuun arvostelussa käytetyt kovarianssiin perustuvat parametriestimaatit painottivat lukuarvoiltaan suurempia vuoden- ja teuraspainojen kovariansseja sallien suurempia muutoksia lukuarvoiltaan pienempiin emoindeksiin ja vieroituspainoon liittyviin kovariansseihin ja sitä kautta korrelaatioihin. Myös tällä muutoksella on ollut vaikutusta indeksien lukuarvoihin erityisesti vieroituspaino- ja emoindeksien osalta.

Maaliskuussa julkaistun ensimmäisen genomiarvostelun ja entisen jälkeläisarvostelun välinen korrelaatio oli noin 0,85 (vaihteluväli 0-1). Marraskuun 2022 ja toukokuun 2023 arvostelujen välinen korrelaatio on yli 0,9, joten edellä mainittu arvosteluprosessin kehittäminen on vakauttanut genomiarvostelut lähemmäs aiempaa jälkeläisarvostelumallia.

Genomitiedon lisääminen arvostelumalliin tuo uutta informaatiota eläinten perinnöllisestä tasosta sekä mahdollistaa arvostelun julkaisun aiempaa laajemmalle eläinjoukolle.